Para que puedan funcionar aplicaciones Java en el navegador Iceweasel tenemos que instalar el siguiente paquete:
apt-get install sun-java6-plugin
Esto nos creara un enlace simbólico en la carpeta /etc/alternatives
mozilla-javaplugin.so -> /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/lib/amd64/libnpjp2.so

Ahora solo nos bastará con crear un enlace simbólico en la carpeta de plugins de Iceweasel.
#ln -s /etc/alternatives/mozilla-javaplugin.so /usr/lib/iceweasel/plugins

Con esto debería funcionar.

Saludos.